L’histoire commença lorsque deux créatures divines (Léviathan et Bahamut) menèrent un combat acharné juste au dessus de la ville de Tokyo. La forte intensité de leur lutte créa un pilier obscur sur Terre qui inspira un sentiment de peur et de confusion dans la population. Les scientifiques chargés d’étudier cette colonne, Joe et Marie Hayakawa, se mirent à faire des recherches sur ce phénomène. Ils partirent explorer une 1ère fois le Pays des Merveilles. En revenant ils décidèrent d'écrire un livre, mais avant de l'avoir rédigé ils partirent une deuxième fois et ne revinrent jamais.

Douze ans plus tard, les enfants des deux scientifiques disparus, Ai et Yu Hayakawa, décident de partir sur les traces de leurs parents avec pour seule information une rumeur donnant le moyen d’atteindre le pilier et d’accéder au « Monde intérieur ». Pour arriver à leurs fins, ils empruntent un métro fantôme où ils rencontrent une jeune fille nommée Lisa, qui est aussi à la recherche de quelqu’un. Arrivés dans le monde intérieur, ils rencontrent Kaze, personnage mystérieux ayant le pouvoir d’invoquer des créatures divines. C’est le début d’une longue aventure pour cette équipe de choc qui devra affronter les nombreux dangers de ce monde inconnu gouverné par "Le Comte".